Bitkilerde Fonksiyonel Genombilimi

📄 Ders Kodu Kredi AKTS 📈 Türü 👤Öğretim Üyesi
400100710021 2 2 3 6 Seçmeli Prof. Dr. Ali Ergül
Dersin Amaçları

Ders; bitki hücresindeki fonksiyonlara (büyüme, gelişme vb)  toplu bakış sağlayan fonksiyonel genombilimi yöntem ve bilgilerini konu almaktadır. Bu amaçla kullanılan yaklaşımlar bir düzen içerisinde işlenirken, genom, ileri ve ters genetik konularındaki temel ve ileri teknikler uygulamaları ile ve teorik olarak öğretilmektedir. Son yıllarda geliştirilen fonksiyonel genom uygulamaları (mikrodizin) lisansüstü öğrencilerine aktarılarak, bitkilerde büyüme, gelişme, stres dayanıklılık gibi temel fizyolojik ve ıslah konularında hücresel mekanizmanın aydınlatılmasına yönelik bilgi birikimlerine katkı amaçlanmaktadır.

Dersin İçeriği
Haftalar

1

Bitki Genom Yapısı: Genom Büyüklüğü ve Çeşitliliği, Haploid genom büyüklüğü, Kromozom sayısı, büyüklüğü vb.

2

Genom Analizi: Gen bölgeleri, Tekrar bölgeleri

3

Klonlama Sistemleri ve Genom Dizileme: Vektör sistemleri, Plazmide dayalı vektörler, BAC (Bacterial Artificial Chromose) vektörler, cDNA ve BAC kütüphanesi oluşturma, Klonlama

4

Tüm Genom Dizileme Yaklaşımları

5

Bitki Genom Projelerine Genel Bakış: Arabidopsis, Pirinç, Buğday, Mısır, Yonca, Domates, Üzüm

6

Bitkilerde Gen İfadesi ve Analizleri: Gen İfadesi, TranskripsiyonGen İfadesi Analizleri (cDNA-AFLP, EST vb)Mikrodizin (Mikroarray) ve Mikrodizin araştırmalarına genel yaklaşımlar (deneme deseni, chip uygulama aşamaları, sonuç değerlendirme)

7

8

9

10

Bitkilerde Revers Genetik: Mutagenezis ve RNAi (RNA interference)

11

12

Model Bitkilerde Yürütülen Fonksiyonel Genom Bilimi Araştırmaları: Dikotiledon model( Arabidopsis), Monokotiledon model (Pirinç)

13

Transgenik Bitkiler:Gen transfer teknikleri, Transgen analizleri (PCR, eş zamanlı PCR, Northern Blot vb)Transgenik bitkiler

14

Bitki Genom ve Fonksiyonel Genom Veri Tabanları.
Okuma listesi

1. Functional Plant Genomics (Editors:J.-F. Morot-Gaudry, P.Lea, J.-F.Briat)

2. Genomics-Assisted Crop Improvement Volume 1 Genomics Approaches and Platforms (Editors:Rajeev K.Varshney, Roberto Tuberosa)

3. Regulation of Gene Expression in Plants  The Role of Transcript Structure and Processing (Editors:Carole L.Bassett)

4. Pant Functional Genomics (Editors:Erich Grotewold)