İleri Biyoteknoloji Teknikleri

📄 Ders Kodu Kredi AKTS 📈 Türü 👤Öğretim Üyesi
400100801150 3 2 3 12 Zorunlu Enstitü Öğretim Üyeleri
Dersin Amaçları

Multidisipliner bir program olan Biyoteknolojide en yaygın kullanılan araçlardan birisi olan genetik mühendisliği, genlerin ve ürünlerinin analizi ve manipülasyonu temeline dayanmaktadır.  Önerilen dersin amacı bir genin DNA, RNA ve protein seviyesinde analizini gerçekleştirebilecek bilgileri verme ve bir genin fonksiyonunu anlayabilmek için gereken temel moleküler biyolojik tekniklerin uygulamalı olarak öğretilmesidir.

Dersin İçeriği
HAFTA KONU BAŞLIĞI AÇIKLAMA
1 İn silico araçlar DNA, protein, plazmid, cDNA kütüphane  bilgi bankaları, PubMed ve Ensembl web araçlarının kullanımı, fonksiyonel analiz yazılımları  (T)
2 Ektopik gen ifadesinin regülasyonu 1 Bakteriyel, maya, böcek ve memeli ifade sistemleri, plazmid yapılarının tanımlanması , gen knock-out, knock-down (RNAi), knock-in teknikleri (T)
3 Ektopik gen ifadesinin regülasyonu  2 Bitki ifade sistemleri, Bitkilere gen transferi teknikleri, Vektör-plasmid kombinasyonları, Transformasyon aşamaları, somatik embriyogenesis, rejenarasyon aşamaları (T)
4 Klonlama 1 Klonlama tipleri, tasarımı, alt klonlama, TA klonlama için PCR (T+U)
5 Klonlama 2 TA klonlama için PCR, TransformasyonMavi-beyaz koloni tarama (T+U)
6 Plazmid üretimi ve saflaştırılması 1 Koloni toplanması, bakteri kültürünün çoğaltılması, Plazmid DNA izolasyonu (miniprep) (U)
7 Plazmid üretimi ve saflaştırılması 2 Plazmid DNAsının restriksiyon endonükleaz ile kesimi ve insert varlığının AGE ile kontrolü (U)
8 Gen transfer teknikleri 1 Bakteriyel transformasyon (T+U)
9 Rekombinant protein üretimi Bakteri kültürünün rekombinant protein ifadesi için indüklenmesi (T+U)
10 Rekombinant protein tayini Bakteri lizatlarının hazırlanması, SDS-PAGE + coomassie blue boyaması (U)
11 Rekombinant protein saflaştırma teknikleri Kolon purifikasyon, etiket uzaklaştırma (T)
12 Gen transfer teknikleri 2 Transfeksiyon, transdüksiyon.  Memeli hücre kültüründe overexpression veya RNAi ile gen susturma (T)
13 Gen transfer teknikleri 3 GFP plazmid ile HEK-293 hücrelerinde overekspresyon ve GFP siRNA ile susturma, mikroskopik olarak sonuçları değerlendirme  (U)
14 Proje sunumları
Okuma listesi

1. Molecular Cloning: A laboratory manual. Sambrook and Russell, ISBN 978-1-936113-41-5

2. Hücrenin Moleküler Biyolojisi, 2008, Alberts ve ark. ISBN: 9789944252225

3. Current Protocols in Molecular Biology, ISBN: 9780471142720

4. http://www.protocol-online.org/