PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları (Uygulama)

📄 Ders Kodu Kredi AKTS 📈 Türü 👤Öğretim Üyesi
40010071018S 201 Seçmeli Prof. Dr. Hilal Özdağ
Dersin Amaçları

1980’li yılların ortalarından sonra Polimeraz Zincir Reaksiyonunun geliştirilmesi ile genetik analiz tekniklerinde yeni bir çığır açılmıştır. Bugün klonlamadan, indirekt mutasyon analiz tekniklerine, DNA dizi analizinden mikrodizin analizlerine birçok genetik analiz yaklaşımının en önemli aracı ve temeli PCR tekniğine dayanmaktadır.

Bu dersin kapsamında PCR tekniğinin temelleri, basit PCR reaksiyonlarının tasarımı, indirekt mutasyon analiz tekniklerinden SSCP, HA, DGGE, DHPLC; direkt mutasyon analiz teknikleri olarak RFLP, Primer Uzama Reaksiyonu, DNA Dizi Analizi; filogenetik ve kimliklendirme çalışmaları için fragment analizleri  ile gen kopya sayısının ve gen ifadesinin saptanması amacıyla kullanılan eş zamanlı (Real-Time) PCR tekniklerinin temelleri ve tasarımı anlatılacaktır.

 

Dersin İçeriği

Pratik

Hafta 1.          Bir genin ekzon intron yapısının biyoinformatik araçlarla ortaya çıkarılması in silico analiz

Hafta 2.           Bir moleküler biyoloji ve genetik labının tanıtımı (Merkez Lab)

Hafta 3.           Genetik analiz için gerekli sarfların belirlenmesi

Hafta 4.           DNA izolasyonu, spektrofotometrik analiz

Hafta 5.           Agaroz jel elektroforezi

Hafta 6.           PCR

Hafta 7.           PCR optimizasyonu

Hafta 8.           DHPLC- Melting domain analizi

Hafta 9.          DHPLC

Hafta 10.         DNA dizi analizi

Hafta 11.        Dizi karşılaştırma ve hizalanması in silico analiz

Hafta 12.        DNA’da tekrar eden diziler ile bunların kimliklendirme ve filogenetik analizlerdeki yerleri demonstrasyon

Hafta 13.         Eş zamanlı PCR

Hafta 14.         Eş zamanlı PCR

 

 

Okuma listesi

Kaynaklar:

 

Theophilus BDM, Rapley R. Methods in Molecular Biology “PCR Mutation Detection Protocols”, 2002, Humana Press

O’Connell J. Methods in Molecular Biology “RT-PCR Protocols”, 2002, Humana Press

Kwok PY. Methods in Molecular Biology “Single Nucleotide Polymorphisms Methods and Protocols”, 2003, Humana Press