PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları ve Uygulamaları

📄 Ders Kodu Kredi AKTS 📈 Türü 👤Öğretim Üyesi
400100710171 2 2 3 6 Seçmeli Prof. Dr. Hilal Özdağ
Dersin Amaçları

1980’li yılların ortalarından sonra Polimeraz Zincir Reaksiyonunun geliştirilmesi ile genetik analiz tekniklerinde yeni bir çığır açılmıştır. Bugün klonlamadan, indirekt mutasyon analiz tekniklerine, DNA dizi analizinden mikrodizin analizlerine birçok genetik analiz yaklaşımının en önemli aracı ve temeli PCR tekniğine dayanmaktadır.

 

Bu dersin kapsamında PCR tekniğinin temelleri, basit PCR reaksiyonlarının tasarımı, indirekt mutasyon analiz tekniklerinden SSCP, HA, DGGE, DHPLC; direkt mutasyon analiz teknikleri olarak RFLP, Primer Uzama Reaksiyonu, DNA Dizi Analizi; filogenetik ve kimliklendirme çalışmaları için fragment analizleri  ile gen kopya sayısının ve gen ifadesinin saptanması amacıyla kullanılan eş zamanlı (Real-Time) PCR tekniklerinin temelleri ve tasarımı anlatılacaktır.

Dersin İçeriği

Teorik

Hafta 1.           Genetik analiz deneylerinin tasarımı

Hafta 2.           Bir genin ekzon intron yapısının biyoinformatik araçlarla ortaya çıkarılması

Hafta 3.           Primer tasarımı

Hafta 4.           PCR

Hafta 5.           PCR optimizasyonu

Hafta 6.           Mutasyonun tanımı ve mutasyon analiz yaklaşımları

Hafta 7.           İndirekt mutasyon analiz yaklaşımları SSCP/HA; DGGE; DHPLC

Hafta 8.           İndirekt mutasyon analiz yaklaşımları TGCE; CE SSCP/HA

Hafta 9.          Direkt mutasyon analiz yaklaşımları, DNA Dizi Analizi

Hafta 10.         Biyoinformatik araçlarla dizilerin kıyas ve hizalanmaları

Hafta 11.        DNA’da tekrar eden diziler ile bunların kimliklendirme ve filogenetik analizlerdeki yerleri

Hafta 12.        İfade analizleri

Hafta 13.         Eş zamanlı PCR: gen kopya sayılarının belirlenmesi

Hafta 14.         Eş zamanlı PCR: ifade analizleri (mRNA seviyesinin belirlenmesi)

Okuma listesi

Kaynaklar:

 

Theophilus BDM, Rapley R. Methods in Molecular Biology “PCR Mutation Detection Protocols”, 2002, Humana Press

O’Connell J. Methods in Molecular Biology “RT-PCR Protocols”, 2002, Humana Press

Kwok PY. Methods in Molecular Biology “Single Nucleotide Polymorphisms Methods and Protocols”, 2003, Humana Press