Tıpta Temel Proteomik Analizler

📄 Ders Kodu Kredi AKTS 📈 Türü 👤Öğretim Üyesi
40010071020S 223 4 Seçmeli Enstitü Öğretim Üyeleri
Dersin Amaçları

Biyolojik alanlarda yapılan çalışmalar hızla tekli analiz metodlarından global sistem yaklaşımlarına doğru değişim göstermektedir ve bu çalışmaların tümünde, bileşenlerin tanımlanması sistemin anlaşılması için temel adımı oluşturmaktadır. Bugüne kadar genom bilimi bu doğrultuda önemli bir zemin hazırlamış ve pek çok organizmanın tam genom sekansları çıkarılarak değerli veriler elde edilmiştir. Ekspresyon profili analizleri sayesinde ise bağıl transkript seviyeleri hakkında bilgi edinilmiştir. Ancak araştırmalar göstermiştir ki, organizmada bulunan mRNA seviyeleri ile protein seviyeleri arasında korelasyon oldukça zayıftır. Bu sayede, protein mekanizmalarının bağımsız olarak incelenmesinin, protein miktar analizlerinin ve profillendirilmesinin önemi anlaşılmıştır (Patterson 2000). İnsan Genom Projesi’nin tamamlanmasının ardından, genlerin fonksiyonel ürünü olan proteinlere ait bilgi birikimi artmadığı sürece genetik bilginin tek başına yeterli olamayacağı görülmüş ve proteinlerle ilgili çalışmalara ağırlık verilerek “proteomik” (“proteomics”) alanı doğmuştur. Proteinler hücrenin, dokunun ya da organizmanın dinamik durumu hakkında daha kesin bilgi verir ve genom projesinin ardından insan genomundaki gen sayısı 25000 ± 5000 olarak hesaplanırken bu genler tarafından üretilen proteinlerin nispeten az bir kısmı bilinmektedir ve sayısının 1,5 milyon civarında olabileceği tahmin edilmektedir (Hachey and Chaurand 2004).  Dolayısıyla teorik ve uygulama kapsamlı ders programı ile; özellikle metabolik sendrom, kanser gibi kompleks hastalıklarda tanıda, prediktif seçilimde, prognoz takibinde ve tedavide genlerin son ürünü olan gerçek yapı fonksiyonu gösteren proteinlerin kullanımının tanıtımı ve günümüzde tıpta en çok kullanılan omics stratejilerinin klinikte kullanımlarının uygulamalı gösterilmesi ile ilgili alanlardaki lisans üstü programlara devam eden araştırıcılara laboratuvarımızdan yararlanarak günümüz proteomiks teknolojilerini takip edebilme olanağının gösterilmesi amaçlanmıştır.

Dersin İçeriği
HAFTA KONU BAŞLIĞI AÇIKLAMA
1 Protein Temel Yapı ve Fonksiyonları Protein Sentezi, Protein Yapısı, Amino Asitlerin temel özellikleri
2 Proteinlerin sınıflandırılması Yapısal  proteinler, Rekombinant Proteinler, Protein yapısında olan/olmayan Enzimler
3 Proteomiks’e Giriş Günümüzde  ‘’OMICS’’ teknolojileri, Proteomiksin Tanımı,Proteomiksin Kapsamı     
4 RNAProteomiks’te genel stratejiler Top-down stratejiler, Bottom-up stratejiler
5 Uygulamalı Protein Eldesi Yöntemleri Farklı doku ve vücut sıvılarından protein eldesi, Protein Miktar Tayini Yöntemleri ve Güvenirlikleri
6 Tek Boyutlu Jel Elektroforezi Uygulamaları
7 İki Boyutlu Jel Elektroforezi Uygulamaları İki Boyutlu Jel elektroforezi genel tanımı, İki Boyutlu Jel elektroforezinin Tıpta Kullanım alanları, 2D jel elektroforezinde birinci boyut ayrım, 2D jel elektroforezinde  2. boyut ayrım- SDS-Poliakrilamid jeller
8 Protein Profil Haritalarının PDQUEST analizleri
9 Protein Profil Analizlerinde Belirlenen spotlardan peptid izolasyonu
10 Kütle Spektrometrisi Sistemlerine Giriş     Kütle Spektrometleri  çeşitleri ve kullanım alanları, Mascot üzerinden PMF analizleri ile protein tanımlanması
11 Blotlama Teknikleri Western blot uygulaması
12 Uygulamalı FT-IR kızılötesi Spektropiskisi Sistemleri ile protein ikincil yapı analizleri
13 FT-IR ile uygulamalı metabolic profilleme
14 Ders içeriğinde yer alan Proteomik uygulamaların literatürdeki yeri  
Okuma listesi
Kitap Adı Yazarlar/Editörler Yayınevi Basım Yılı ISBN No. (basılı)
20.Vibrational Spectroscopy in Diagnosis and Screening Feride Severcan, Parvez I. Haris IOS Press

2012

978-1-61499-058-1
21.Biological Applications of Infrared Spectroscopy Barbara H. Stuart John Wiley & Sons

1997

978-0-471-97414-7
22.Protein-Protein Interactions: A Molecular Cloning Manual, Second Edition Erica A. Golemis, Peter D. Adams Cold Spring Harbor Laboratory Press

2005

978-087969723-5
23. At the Helm: Leading your Laboratory, Second Edition Kathy Barker Cold Spring Harbor Laboratory Press

2010

978-0-879698-66-9
24. Basic Methods in Protein Purification and Analysis: A Laboratory Manual Richard J. Simpson,  Peter D. Adams, Erica A. Golemis Cold Spring Harbor Laboratory Press

2008

978-087969-867-6
25. Proteomics in Practice: A Guide to Successful Experimental Design Reiner Westermeier, Tom Naven, Hans-Rudolf Höpker Wiley-Blackwell

2008

978-3527319411
26.Introducing Proteomics: From concepts to sample separation, mass spectrometry and data analysis Josip Lovric Wiley

2011

978-0470035245
27.Proteomics: Introduction to Methods and Applications Agnieszka Kraj, Jerzy Silberring Wiley-Interscience

2008

978-0470055359
28.Mass Spectrometry: Principles and Applications Edmond de Hoffmann, Vincent Stroobant Wiley-Interscience

2007

978-0470033111
29.Introduction to Proteomics: Principles and Applications Nawin C. Mishra Wiley

2010

978-0471754022
30.Electrospray and MALDI Mass Spectrometry: Fundamentals, Instrumentation, Practicalities, and Biological Applications Richard B. Cole Wiley

2010

978-0471741077
31.Introduction to Mass Spectrometry: Instrumentation, Applications, and Strategies for Data Interpretation J. Throck Watson, O. David Sparkman Wiley

2007

978-0470516348
32. Proteomics Timothy Palzkill Springer

2002

978-0792375654