• TR
  • EN
Menü

ÖZDAĞ LAB

Prof. Dr. Hilal Özdağ Öğretim Üyesi

Telefon +90 312 222 58 26 / 2510-2554
Faks +90 312 222 58 72

 

 

2007 yılından bugüne Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Genombilim Biriminde sürdürmekte olduğumuz araştırma faaliyetlerimiz, TÜBİTAK, Üniversitemiz Bilimsel Araştırma Projeleri Müdürlüğü, Ulusal Bor Enstitüsü, COST ve Uluslararası Atom Enerjisi Kurumu destekleri sürmektedir. Bu kapsamda ekibimiz Dünya Sağlık Örgütü istatistiklerine göre insan sağlığı için en önemli tehditlerden biri olarak nitelenen, multifaktöryel ve multigenik karakterleri ile ön plana çıkan kanser için diagnostik ve prognostik yeni biyobelirteçler tanımlamayı hedefleyen genom ve transkriptom ebadındaki analizleri içeren projeler yürütmektedir. Bu çerçevede popülasyon genombilimi ve kök hücre biyolojisi ekibimizin ilgi ve araştırma sahasına girmektedir.

Translasyonel niteliğe sahip olan araştırmalarımızı, 2008 yılı başından itibaren daha organize bir araştırma stratejisi benimseyerek, değişik araştırma gruplarının biraraya geldiği bir araştırma programı halinde yapılandırdık. Biyoteknoloji Enstitüsü misyonlarına uygun ve paralel nitelikte, patentlenebilir bilgi niteliğine sahip olacak olan yeni diagnostik ve prognostik biyobelirteçlerin tanımlanması, klinik ve temel bilimlerin koordine çalışmasını gerektirmektedir. Bu nedenle araştırma programımız, konu ile ilgili temel ve klinik bilim grupları ile de ekip çalışmalarına girmektedir.

 

Ekip Üyeleri:

Araştırma Asistanı
Seda Taşır Yılmaz

Doktora Öğrencileri
Berşan Seçil Durel

Haldun Doğan

Yüksek Lisans Öğrencileri

Edibe Ece Abacı

Sulgun Chariyeva

 

Akademik Özgeçmiş

Derece  Kurum  Yıl
Araştırma Görevlisi Bilkent Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü 1995-2000-
Doktora Sonrası Araştırıcı Cambridge Üniversitesi Onkoloji Bölümü 2000-2004-
Genombilim Birim Sorumlusu Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü 2005-2006-
Yrd. Doç. Dr. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları ABD, Pediatrik Genetik BD 2006-2007-
Doç. Dr. Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü 2007-2013-
Prof. Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü 2013–

Egitim Bilgileri

Derece  Kurum Yıl
Lisans Hacettepe Üniversitesi Biyoloji Bölümü 1989-1993
Yüksek Lisans Hacettepe Üniversitesi Biyoteknoloji BD 1993-1995
Doktora Bilkent Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü 1995-2000

Akademik/idari Gorevler

Derece Kurum  Yıl
Müdür Yardımcısı Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü 2012–

Projeler

Yıl Başlık Destekleyen Kurum Görevi Durum
2008-2011 Sporadik kolorektal kanser vakalarında genom ebadında TNP profilinin belirlenmesi İle yeni genetik yatkınlık genlerinin ve kanserin gelişmesinde etken olan genlerin belirlenmesi TÜBİTAK Yürütücü Tamamlandı
2008-2011 Kanser ve venöz tromboz: tümor gelişimi İle tromboz İlişkisinde koagülomun genom ebadında İfade profillemesi yolu İle tanımlanması Ankara Üniversitesi BAP Yürütücü Tamamlandı
Akut Myeloid Lösemide Wnt sinyal yola_ındaki genlerin DNA Mikroarray Analizi ile tanımlanması Ankara Üniversitesi BAP Araştırmacı Tamamlandı
2006-2011 Farklı etnik popülasyonlarda Diffuse Large B-Cell Non-Hodgkin Lemfomaların tedavisinde FDG-PET ve moleküler gen profillemesinin uygulaması IAEA Araştırmacı Tamamlandı
2009-2010 Tıpta kullanılacak yeni biyobelirteçlerin tanımlanmasında Mikrodizin (Microarray) platformunda gerçekleştirilen çalışmalarda elde edilen verinin paralel programlama teknikleriyle hızlı bir şekilde web tabanlı analizi hizmeti. Sanayi ve Ticaret Bakanlığı Araştırmacı Tamamlandı
2009-2012 Kalıcı Atriyal Fibrilasyonlu ve Sinüs Ritimli Hastalarda Apoptozis İlişkili Genlerin Karşılaştırmalı Analizleri TÜBİTAK Araştırmacı Tamamlandı
2009-2011 Anadolu menseili bir bor bakterisi, Bacillus boroniphilus’un tüm gen diziliminin çıkarılması ve hazırlanacak genomik kütüphanesi üzerinden bor ile ilgili genlerinin araştırılması BOREN Araştırmacı Tamamlandı
2010-2013 Sporadik kolorektal kanser vakalarında genom ebadında kopya sayısı değişimlerinin belirlenmesi ile kanser başlangıç ve gelişmesinde etken gen veya gen gruplarının tanımlanması TÜBİTAK Araştırmacı Tamamlandı
2010-2013 Myelodisplastik sendrom (MDS) ve akut myeloid löseminin (AML) epigenetik profillerinin belirlenmesi suretiyle MDS ve AML prognozunda yeni moleküler belirteçlerin tanımlanması TÜBİTAK COST Araştırmacı Tamamlandı
2013-2016 Türk Popülasyonunda Aile Temelli Genom Boyu Asosiyasyon Çalışması Sonucunda Sporadik Kolorektal Kanser İle İlişkilendirilmiş 75 TNP’nin Geniş Bir Popülasyon Çalışması İle Doğrulanması TÜBİTAK COST Yürütücü Tamamlandı
2019-2021 Behçet Sendromu’nda miRNom ve Transkriptom Profillerinin Entegrasyonu TÜBİTAK 1001 Araştırmacı Devam ediyor
2019-2021 Kanda dolaşan tümör hücrelerinin kuvars akord çatalı tabanlı immünosensörle tayini TÜBİTAK 1001 Araştırmacı Devam ediyor

Yönetilen Tezler

Öğrenci Başlık Durum
Yüksek Lisans Tezleri
Haldun Doğan Yenidoğan sepsislerine neden olan başlıca 3 bakteri türürnün hızlı ve güvenilir tanımlanması amacıyla moleküler metod oluşturulması Tamamlandı
Hülya Sümer Nokta mutasyonlarının saptanmasında yüksek çözünülürlüklü erime tekniğinin verim ve hassasiyetinin değerlendirilmesi Tamamlandı
Melike Özbilgin Öztürk Türk popülasyonunda difüz büyük B hücreli non-hodgkin lenfoma tedavisinde moleküler gen profillemesi Tamamlandı
Edibe Ece Abacı  Devam ediyor
Sulgun Charyyeva  Devam ediyor
Doktora Tezleri
Buket Nebiye Demir Plazminojen (PLG) geninin denatüre edici yüksek basınçlı sıvı kromatografi (DHPLC) ile mutasyon analizi ve olası mutasyonlu örneklerin DNA dizi analizi ile değerlendirilmesi Tamamlandı
Dilay Çığlıdağ Düngül Sporadik kolorektal kanser vakalarında genom ebadında TNP profilinin belirlenmesi ile yeni genetik yatkınlık genlerinin ve kanserin gelişmesinde etken olan genlerin belirlenmesi Tamamlandı
Nevin Belder Kanser vakalarında genom ebadında kopya sayısı değişimlerinin ve transkriptom profilinin belirlenmesi ve kanserin gelişmesinde etken yeni genlerin tanımlanması Tamamlandı
Semih Dalkılıç Kanser ve venöz tromboz: Tümör gelişimi ile tromboz ilişkisinde koagülomun tanımlanması Tamamlandı
Hülya Sümer Çelebi Myelodisplastik sendrom (MDS) ve akut myeloid löseminin (AML) epigenetik profillerinin belirlenmesi suretiyle MDS ve AML prognozunda moleküler belirteçlerin tanımlanması Tamamlandı
Pelin Fidanoğlu Türk popülasyonunda genom ebadında SNP veritabanının oluşturulması ve popülasyon verilerimizin uluslararası HAPMAP projesi ile korelasyonu Tamamlandı
Özge Cumaoğulları Sporadik kolorektal kanser ile ilişkilendirilmiş aday genlerin incelenmesi Tamamlandı
Haldun Doğan Devam ediyor
Berşan Seçil Durel Devam ediyor

Seçilmiş Yayınlar

Başlık Dergi Yazar(lar)
SLCO1B1 Polymorphisms are Associated With Drug Intolerance in Childhood Leukemia Maintenance Therapy. J Pediatr Hematol Oncol Eldem İ, Yavuz D, Cumaoğullari Ö, İleri T, Ünal İnce E, Ertem M, Doğanay Erdoğan B, Bindak R, Özdağ H, Şatiroğlu-Tufan NL, Uysal LZ
Treatment of plasminogen deficiency patients with fresh frozen plasma. Pediatr Blood Cancer Kızılocak H, Ozdemir N, Dikme G, Koç B, Atabek AA, Çokuğraş H, İskeleli G, Dönmez-Demir B, Christiansen NM, Ziegler M, Ozdağ H, Schuster V, Celkan T.
Protocol for qRT-PCR analysis from formalin fixed paraffin embedded tissue sections from diffuse large b-cell lymphoma: Validation of the six-gene predictor score. Oncotarget Tekin N, Omidvar N, Morris TP, Conget P, Bruna F, Timar B, Gagyi E, Basak R, Naik O, Auewarakul C, Sritana N, Levy D, Cerci JJ, Bydlowski SP, Pereira J, Dimamay MP, Natividad F, Chung JK, Belder N, Kuzu I, Paez D, Dondi M, Carr R, Ozdag H, Padua RA.
The effect of biological heterogeneity on R-CHOP treatment outcome in diffuse large B-cell lymphoma across five international regions. Leuk Lymphoma Carr R, Ozdag H, Tekin N, Morris T, Conget P, Bruna F, Timar B, Gagyi E, Basak R, Naik O, Auewarakul C, Srithana N, Dimamay MP, Natividad F, Chung JK, Belder N, Kuzu I, Omidvar N, Paez D, Padua RA.
From RNA isolation to microarray analysis: Comparison of methods in FFPE tissues. Pathol Res Pract Belder N, Coskun Ö, Doganay Erdogan B, Ilk O, Savas B, Ensari A, Özdağ H.
Functionally conserved effects of rapamycin exposure on zebrafish. Mol Med Rep Sucularli C, Shehwana H, Kuscu C, Dungul DC, Ozdag H, Konu O.
Optimization of gene expression microarray protocol for formalin-fixed paraffin-embedded tissues. Genom Data Belder N, Coşkun Ö, Erdoğan BD, Savaş B, Ensari A, Özdağ H.
Use of immunohistochemical versus microsatellite analyses as markers for colorectal cancer. Turkish Journal of Biochemistry Tantoglu U, Yuksel S, Akyol C, Dogan H, Kutlay N, Kuzu I, Ozdag H, Kuzu MA.
Behcet’s: A Disease or a Syndrome? Answer from an Expression Profiling Study. Plos One Oguz AK, Yilmaz ST, Oygur CS, Candar T, Sayin I, Kilicoglu SS, Ergun I, Ates A, Ozdag H, Akar N.
Novel plasminogen gene mutations in Turkish patients with type I plasminogen deficiency. Blood Coagulation & Fibrinolysis Donmez-Demir B, Celkan T, Sarper N, Deda G, Ince E, Caliskan U, Ozturk G, Karagun B, Kupesiz A, Tokgoz H, Akar N, Ozdag H.
C-type lectin domain family 12, member A: A common denominator in Behcet’s syndrome and acute gouty arthritis. Medical Hypotheses Oguz AK, Yilmaz S, Akar N, Ozdag H, Gurler A, Ates A, Oygur CS, Kilicoglu SS, Demirtas S.
Prospective international cohort study demonstrates inability of interim PET to predict treatment failure in diffuse large B-cell lymphoma. Journal of Nuclear Medicine Carr R, Fanti S, Paez D, Cerci J, Györke T, Redondo F, Morris T.P,Meneghetti C, Auewarakul C, Nair R, Gorospe C, Chung J.-K, Kuzu I, Celli M, Gujral S, Padua R.A, Dondi M, El-Haj N, Coutinho A, Soares J, Levy D, Bydtowsky S, Pereria J, Costa R, Coelho S, Redondo F, Conget P, Bustamante E, Bruna F, Masszi T, Timár B, Szepesi Á, Sipos A, Demeter J, Gergely L, Garai I, Rangarajan V, Basak R, Zinzani P.L, Kang K.W, Eo J.S, Campo M.V, Natividad F, Dinamay M.P, Sritana N, Ozdag H, Tekin N, Kucuk O, Aras G, Ozbilgin M, Ozcan M, Topcuolglu P.
Comparison of high-resolution melting analysis to denaturing high performance liquid chromatography in the detection of point mutations in MEFV, F5, and F2 genes. Turkish Journal of Medical Sciences Celebi HS, Ozdag H.
Genome-wide transcriptional reorganization associated with senescence-to-immortality switch during human hepatocellular carcinogenesis. Plos One Yildiz G, Arslan-Ergul A, Bagislar S, Konu O, Yuzugullu H, Gursoy-Yuzugullu O, Ozturk N, Ozen C, Ozdag H, Erdal E, Karademir S, Sagol O, Mizrak D, Bozkaya H, Ilk HG, Ilk O, Bilen B, Cetin-Atalay R, Akar N, Ozturk M.
A 7q11.23 microduplication patient with cerebral palsy and facial dysmorphism. Genetic Counseling Değerliyurt A, Ceylaner S, Özdağ H.
Biologic tumor behavior in pilocytic astrocytomas. Child’s Nervous System Belirgen M, Berrak SG, Ozdag H, Bozkurt S.U., Eksioglu-Demiralp E, Ozek, MM
A novel approach for small sample size family-based association studies: sequential tests. Eur J Hum Genet. Ilk O, Rajabli F, Dungul DC, Ozdag H, Ilk HG.
H2AX gene does not have a modifier effect on ataxia-telangiectasia phenotype. Int J Immunogenet. Mesci L, Ozdag H, Yel L, Ozgur TT, Tan C, Sanal O.
Screening of 38 genes identifies mutations in 62% of families with nonsyndromic deafness in Turkey. Genet Test Mol Biomarkers. Duman D, Sirmaci A, Cengiz FB, Ozdag H, Tekin M.
Isotopic biomarker discovery and application in translational medicine. Drug Discov Today. Bayele HK, Chiti A, Colina R, Fernandes O, Khan B, Krishnamoorthy R, Ozdağ H, Padua RA.
Recurrent and private MYO15A mutations are associated with deafness in the Turkish population. Genet Test Mol Biomarkers Cengiz FB, Duman D, Sirmaci A, Tokgöz-Yilmaz S, Erbek S, Oztürkmen-Akay H, Incesulu A, Edwards YJ, Ozdag H, Liu XZ, Tekin M.
Disruption of ALX1 causes extreme microphthalmia and severe facial clefting: expanding the spectrum of autosomal-recessive ALX-related frontonasal dysplasia. Am J Hum Genet. Uz E, Alanay Y, Aktas D, Vargel I, Gucer S, Tuncbilek G, von Eggeling F, Yilmaz E, Deren O, Posorski N, Ozdag H, Liehr T, Balci S, Alikasifoglu M, Wollnik B, Akarsu NA.
A truncating mutation in SERPINB6 is associated with autosomal-recessive nonsyndromic sensorineural hearing loss. Am J Hum Genet. Sirmaci A, Erbek S, Price J, Huang M, Duman D, Cengiz FB, Bademci G, Tokgöz-Yilmaz S, Hişmi B, Ozdağ H, Oztürk B, Kulaksizoğlu S, Yildirim E, Kokotas H, Grigoriadou M, Petersen MB, Shahin H, Kanaan M, King MC, Chen ZY, Blanton SH, Liu XZ, Zuchner S, Akar N, Tekin M.
A founder TMIE mutation is a frequent cause of hearing loss in southeastern Anatolia. Clin Genet. Sirmaci A, Oztürkmen-Akay H, Erbek S, Incesulu A, Duman D, Taşir-Yilmaz S, Ozdağ H, Tekin M.
Mutations in TMC1 contribute significantly to nonsyndromic autosomal recessive sensorineural hearing loss: a report of five novel mutations. Int J Pediatr Otorhinolaryngol. Sirmaci A, Duman D, Oztürkmen-Akay H, Erbek S, Incesulu A, Oztürk-Hişmi B, Arici ZS, Yüksel-Konuk EB, Taşir-Yilmaz S, Tokgöz-Yilmaz S, Cengiz FB, Aslan I, Yildirim M, Hasanefendioğlu-Bayrak A, Ayçiçek A, Yilmaz I, Fitoz S, Altin F, Ozdağ H, Tekin M.
First observation of homozygote Hb Q-Iran (alpha 75 (EF4) Asp-His). Tur J Hematol Özdağ H, Yildiz I, Akar N.
Homozygous mutations in fibroblast growth factor 3 are associated with a new form of syndromic deafness characterized by inner ear agenesis, microtia, and microdontia. Am J Hum Genet. Tekin M, Hişmi BO, Fitoz S, Ozdağ H, Cengiz FB, Sirmaci A, Aslan I, Inceoğlu B, Yüksel-Konuk EB, Yilmaz ST, Yasun O, Akar N.
A novel mutation leading to a deletion in the SH3 domain of Bruton’s tyrosine kinase. Turk J Pediatr. Mesci L, Ozdag H, Turul T, Ersoy F, Tezcan I, Sanal O.
Differential expression of selected histone modifier genes in human solid cancers. BMC Genomics Ozdağ H, Teschendorff AE, Ahmed AA, Hyland SJ, Blenkiron C, Bobrow L, Veerakumarasivam A, Burtt G, Subkhankulova T, Arends MJ, Collins VP, Bowtell D, Kouzarides T, Brenton JD, Caldas C.
A 1 Mb minimal amplicon at 8p11-12 in breast cancer identifies new candidate oncogenes. Oncogene Garcia MJ, Pole JC, Chin SF, Teschendorff A, Naderi A, Ozdag H, Vias M, Kranjac T, Subkhankulova T, Paish C, Ellis I, Brenton JD, Edwards PA, Caldas C.
p300/CBP and cancer. Oncogene Iyer NG, Ozdag H, Caldas C.
Possible causes of chromosome instability: comparison of chromosomal abnormalities in cancer cell lines with mutations in BRCA1, BRCA2, CHK2 and BUB1. Cytogenet Genome Res. Grigorova M, Staines JM, Ozdag H, Caldas C, Edwards PA.
p300 regulates p53-dependent apoptosis after DNA damage in colorectal cancer cells by modulation of PUMA/p21 levels. Proc Natl Acad Sci USA Iyer NG, Chin SF, Ozdag H, Daigo Y, Hu DE, Cariati M, Brindle K, Aparicio S, Caldas C.
EMSY links the BRCA2 pathway to sporadic breast and ovarian cancer. Cell Hughes-Davies L, Huntsman D, Ruas M, Fuks F, Bye J, Chin SF, Milner J, Brown LA, Hsu F, Gilks B, Nielsen T, Schulzer M, Chia S, Ragaz J, Cahn A, Linger L, Ozdag H, Cattaneo E, Jordanova ES, Schuuring E, Yu DS, Venkitaraman A, Ponder B, Doherty A, Aparicio S, Bentley D, Theillet C, Ponting CP, Caldas C, Kouzarides T.
Mutation analysis of CBP and PCAF reveals rare inactivating mutations in cancer cell lines but not in primary tumours. Br J Cancer Ozdağ H, Batley SJ, Försti A, Iyer NG, Daigo Y, Boutell J, Arends MJ, Ponder BA, Kouzarides T, Caldas C.
Germ line BRCA1 and BRCA2 gene mutations in Turkish breast cancer patients. European Journal of Cancer Ozdag H, Tez M, Sayek I, Muslumanoglu M, Tarcan O, Icli F, Ozturk M, Ozcelik T.
Human MLH1 deficiency predisposes to hematological malignancy and neurofibromatosis type 1. Cancer Research Ricciardone MD, Ozcelik T,Cevher B, Ozdag H,Tuncer M, Gurgey A, Uzunalimoglu O, Cetinkaya H,Tanyeli A, Erken E, Ozturk M,
The exon 13 duplication in the BRCA1 gene is a founder mutation present in geographicaly diverse populations. Am J Hum Genet Mazoyer, S., Leary, J., Kirk, J.c, Fleischmann, E., Wagner, T., Claes, K., Messiaen, L., Foulkes, W., Desrochers, M., Simard, J., Phelan, C.M. , Kwan, E.h , Narod, S.A.h , Vahteristo, P., Nevanlinna, H., Durando, X., Bignon, Y.J., Peyrat, J.P., Bonnardel, C., Sinilnikova, O.M., Puget, N. , Lenoir, G.M., Audoynaud, C., Goldgar, D., Maugard, C., Caux, V., Gad, S., Stoppa-Lyonnet, D., Noguès, C., Lidereau, R., Machavoine, C., Bressac-De Paillerets, B., Kuschel, B., Betz, B., Niederacher, D., Beckmann, M.W., Hamann, U., Gayther, S.A, Ponder, B.A.P., Robinson, M., Taylor, G.R., Bishop, T. , Catteau, A., Solomon, E. , Cohen, B., Steel, M., Collins, N., Stratton, M., Van Der Looij, M., Oláh, E., Miller, N.J., Barton, D.E., Sverdlov, R.S., Friedman, E.z , Radice, P., Montagna, M.ab , Sensi, E., Caligo, M., Van Eijk, R., Devilee, P., Van Der Luijt, R., Heimdal, K., Møller, P., Borg, Å., Diez, O., Cortes, J., Domenech, M., Baiget, M., Osorio, A., Benítez, J.ai , Maillet, P., Sappino, A.P., Özdag, H., Özçelik, T. , Ozturk, M.ak , Rohlfs, E.M., Boyd, J., McDermott, D., Offit, K., Unger, M., Nathanson, K., Weber, B.L., Sellers, T.A., Hampton, E., Couch, F.J., Neuhausen, S.
A novel (delta beta)(0)-thalassemia due to a approximately 30-kb deletion observed in a Turkish family. Acta Haematol. Oner R, Oner C, Erdem G, Balkan H, Ozdağ H, Erkan M, Gümrük F, Gürgey A, Altay C.