Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü lisansüstü eğitim faaliyetlerine ilk olarak Sağlık Bilimleri Enstitüsü bünyesinde bir anabilim dalı olarak başlamış, Bakanlar Kurulunun 2/9/2002 tarih ve 2002/4749 sayılı kararı ile enstitü statüsünde akademik hayatına devam etmiştir. Disiplinlerarası bir enstitü olarak faaliyete başlayan Biyoteknoloji Enstitüsünde lisansüstü eğitim, Temel Biyoteknoloji Anabilim dalı altında Temel Biyoteknoloji, Biyoinformatik ve Sosyoekonomi ve Biyoteknoloji programları kapsamında verilmeye başlanmıştır.
Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü kurulduğu yıl dönemin Rektör Yardımcısı Prof. Dr. Ömer Gebizlioğlu’nun girişimleri ile Eylül 2002 tarihinde DPT’nin 7 yıl süren desteğini almıştır. Proje kapsamında bir yandan üniversitemizde biyoteknoloji sahasında çalışan fakülte ve bölümlerdeki münferit araştırma laboratuvarlarının altyapıları desteklenmiş, diğer yandan 2004 Aralık ayında Ankara Üniversitesi ve bütün Türkiye’ye hizmet verecek bir Merkez Laboratuvar kurulumu tamamlanmıştır. Bu laboratuvar hem bir hizmet hem de bir araştırma laboratuvarı kimliği ile üniversite içinden ve dışından bir çok araştırma ve/veya araştırıcıya önemli alt yapı desteği vermiş ve halen vermektedir.